En Alsace, c'est le cépage qui tient la vedette, puisque l'appellation d'origine est presque toujours suivie des dénominations des cépages.
On peut distinguer deux groupes de cépages en Alsace : les variétés de base et les cépages nobles qui donnent les vins de renom.
Donnant des vins légers et frais, les cépages de base sont le chasselas, qui ne couvre plus qu'1 % du vignoble, le sylvaner, le pinot ou klevner, assemblage du pinot blanc et de l'auxerrois, qui représente aujourd'hui près de 21 % du vignoble et qui doit son développement à sa précocité.
Les cépages les plus connus qui ont donné leur réputation aux vins d'Alsace sont le riesling, le plus ancien cépage alsacien, le muscat, assemblage du muscat d'Alsace et du muscat ottonel, le tokay ou pinot gris, dont la légende place l'origine en Hongrie, le gewurztraminer, forme aromatique de l'ancien traminer et le pinot noir, seul cépage réservé aux rouges et aux rosés.

Principaux cépages :

- le sylvaner : tardif, il se plaît dans les sols profonds, sableux et calcaires. Il couvre 14 % du vignoble. Il donne des vins frais, légers et fruités.

- le riesling (blanc) : variété tardive qui est adapté aux sols sablo-argileux et limoneux. Il occupe 23.3 % du vignoble et est très régulier en production. Il donne des vins vifs et typés, possédant une finesse aromatique et une certaine élégance.

- le muscat (blanc) : il n'occupe plus que 2.3 % du vignoble à cause de son rendement très irrégulier. C'est un assemblage de muscat d'Alsace, qui donne une bonne intensité aromatique et une forte acidité, et le muscat ottonel, qui transmet la finesse de son bouquet. L'harmonie des deux donne des vins secs, fruités et bouquetés, qui donnent l'impression de manger le raisin.

- le tokay ou pinot gris (blanc) : se plaît dans les terrains tertiaires, calcaires et les pentes volcaniques, il occupe 10 % du vignoble. Il donne des vins de garde d'une rare puissance et moelleux.

- le gewurztraminer (blanc) : cépage précoce adapté aux sols marneux, il possède une productivité faible et une sensibilité aux accidents climatiques. Il représente 17.6 % du vignoble. Il donne des vins très expressifs, corsés et charpentés, avec un bouquet d'une grande intensité.

- le pinot noir (rouge) : tardif et adapté aux sols sablonneux et calcaires, il couvre 8.7 % du vignoble. Selon la cuvaison, il donne des vins rosés frais et fruités ou des rouges corsés.

Les appellations :
Alsace (complété du nom du cépage), Alsace Grand Cru (complété du nom du lieu-dit ; vins issus des cépages riesling, gewurztraminer, tokay ou muscat), vendanges tardives et sélection de grains nobles (sur les 4 cépages nobles).

Les vins du Jura sont issus de plusieurs cépages : poulsard ou ploussard, trousseau et pinot noir pour les rouges, chardonnay ou savagnin pour les blancs.
Le poulsard ou ploussard est un cépage propre au Jura, notamment à Arbois. Il se plaît sur les terres marneuses ou argileuses. Il a une production assez irrégulière et craint les gelées tardives. Il donne des vins délicats, fruités et qui peuvent vieillir de 4 à 8 ans.
Le trousseau présente une maturité assez tardive et préfère les terrains graveleux et chauds. Il ne représente que 5 % du vignoble et on le trouve surtout au nord de l'Arbois. Il donne des vins de garde chauds, tanniques et alcooleux, le contraire du poulsard.
Le savagnin est l'unique cépage qui produit le fameux " vin jaune ". Il se plaît sur les marnes bleues ou les schistes gris, à Château-chalon.
Le chardonnay couvre 45 % de l'encépagement du Jura et le pinot noir n'est utilisé qu'en faible proportion dans des assemblages.
Il existe 4 appellations pour les vins du Jura : Côtes du Jura, Arbois, l'étoile et Château-Chalon (" vin jaune ").

La variété des vins de Loire s'explique par les différences de contexte géologique et de climat, mais aussi par les nombreux et diverses cépages plantés dans cette région.
On distingue trois grands groupes de cépages, suivant leur provenance historique : les cépages de Loire, les cépages venus du Sud-Ouest et les cépages venus de Bourgogne.

- les cépages de Loire : le plus ancien cépage de Loire est le chenin noir ou pineau d'Aunis qui donne des rosés typés et friands mais qui ne se trouve plus qu'en Anjou et en Touraine. Un de ses dérivés, le pineau de la Loire ou chenin blanc, est le grand cépage d'Anjou et de Touraine. Il présente une maturation assez tardive et se plaît sur les terrains des coteaux du Layon, à Savennières, en Saumurois et à Vouvray.
Le sauvignon est aussi un cépage provenant de Loire, il domine en Touraine et est le seul admis pour la production des vins blancs de Sancerre, Pouilly-Fumé, Quincy, Menetou-Salon et Reuilly.

- les cépages venus du Sud-Ouest : il s'agit des cabernets du Bordelais et du côt de Cahors.
Le cabernet-franc, nommé breton en Loire, donne des vins rouge de garde et fruités sur les coteaux calcaires de Bourgueil, Chinon et Saumur-Champigny. Il est aussi présent dans la région de Brissac en Anjou et sur les vallées du Layon, où il donne les vins rouges AOC anjou-villages et anjou-villages-brissac, et des vins rosés.
Le côt est surtout cultivé en Touraine, et sa variété blanche, le romorantin, en Sologne, où il donne l'AOC cour-cheverny.

-les cépages venus de Bourgogne : le pinot noir est le cépage des vins rouges et rosés de Sancerre et connaît une progression dans le Centre. Le Chardonnay est en expansion, notamment pour l'élaboration du crémant-de-loire, en Touraine et en Anjou.
Il faut aussi parler du melon de Bourgogne, oublié dans sa région natale et qui a trouvé une terre d 'accueil, dans le pays nantais, où on le nomme muscadet.

Cette région présente une grande variété de vins produits et donc un encépagement des plus diversifiés.
Les principaux cépages rouges sont le carignan, le grenache, la syrah, le cinsault, le mourvèdre et le muscardin. Les principaux cépages blancs sont le grenache blanc, le macabeu, le carignan blanc, la clairette, le picpoul, le bourboulenc, le mauzac et les muscats.
Pour visualiser l'encépagement de cette région, très hétérogène, il est préférable de s'intéresser aux principales appellations.

- Coteaux du Languedoc : on y pratique des assemblages. Le carignan, planté sur les schistes dans les zones sèches et qui donne des vins colorés et tanniques, et le cinsault, qui donne des vins souples et légers (rosés et primeurs), couvrent 40 % du vignoble. L'ensemble des cépages grenache, lladoner, mourvèdre et syrah représente la même part. Le grenache, assez irrégulier dans le rendement, apporte au vin un caractère généreux, rond, gras et assez aromatique, tandis que la syrah, plus précoce, donne des vins très colorés et charpentés, tout comme le mourvèdre, qui est quant à lui assez tardif.
Les vins blancs sont elaborés à partir des grenache blanc, picpoul, clairette, bourboulenc, marsanne, roussanne et rolle, sauf ceux de La Clape, issus du seul picpoul.

- Costières-de-Nîmes : les costières font partie des vignobles de la vallée du Rhône, même si les vignerons dépendent administrativement du Languedoc-Roussillon (Note 1). Voir plus bas.

- Faugères : le carignan couvre 40 % du vignoble. Il est complété par les traditionnels grenache noir et cinsault, mais aussi par le mourvèdre et surtout la syrah, en fort développement.

- Minervois : le cépage dominant est le carignan, qui est complété par le grenache, planté sur les marnes, le cinsault, sur les grès, et aussi le mourvèdre et la syrah.
Le muscat est cultivé à Saint-Jean-de-Minervois. Il existe aussi une appellation spécifique, Minervois-la-livinière, issu à 60 % des cépages grenache, syrah et mourvèdre.

- Corbières : élaboré principalement à partir du carignan (limité à 60 %) et du grenache noir, l'implantation de la syrah et du mourvèdre a permis au vin de gagner en finesse.

- Limoux : surtout connus pour ses vins effervescents, la blanquette et le crémant. Ils sont issus principalement du mauzac, à 60 % pour le crémant et à 90 % pour la blanquette, qui confère au vin un parfum de pomme très caractéristique. Il est complété dans l'assemblage par le chenin, qui apporte de la vivacité et du fruité, et par le chardonnay.

- Côtes du Roussillon et Villages : les blancs sont issus principalement des cépages macabeu et grenache blanc, mais aussi de la malvoisie du Roussillon, de la marsanne, de la roussanne et du vermentino. Le carignan est dominant dans l'élaboration des rouges et des rosés mais étant donné l'obligation d'assembler au moins trois cépages, se développent le grenache noir, le lladonner pelut, le cinsault, le mourvèdre et la syrah.

- Les vins doux naturels : ces vins qui font la réputation du Roussillon sont issus, suivant l'appellation, du grenache blanc (Rivesaltes), des muscats à petits grains et d'Alexandrie (Muscat-de-Rivesaltes) ou du grenache noir (Banyuls et Maury). Les cépages complémentaires sont le macabeu (Rivesaltes, Maury), la malvoisie (Rivesaltes) et le carignan (Maury).

On distingue deux régions principales au sein de la Vallée du Rhône : la Vallée du Rhône septentrionale, au nord, et la Vallée du Rhône méridionale, au sud.

- Les Côtes du Rhône septentrionales :

- La syrah est le cépage rouge unique des côtes du Rhône septentrionales : Côte rotie, Saint-Joseph, Cornas, Hermitage, Crozes-Hermitage. Il donne des vins typés, colorés et très aromatiques.

- Les principaux cépages blancs des vins du nord de la Vallée du Rhône sont la roussane et la marsanne, le viognier (cépage unique du Condrieu). Les cépages secondaires sont la clairette, le muscat à petits grains et le chardonnay. Les appellations se nomment Condrieu, Saint-Joseph, Hermitage, Crozes-Hermitage, Château Grillet, Clairette de Die et Saint Peray (mousseux).

- Les Côtes du Rhône méridionales :

- Le cépage rouge dominant est le carignan, très rustique, complétés du grenache, alcoolisé et qui donne des vins souples, de la syrah, du cinsault, qui apporte de la finesse et du fruité, de la mourvèdre, produisant des vins corsés et charpentés, et du muscardin.
Les principales appellations sont Côtes du Rhône Villages, Châteauneuf du pape, Gigondas.

- Les blancs du sud de la Vallée du Rhône sont issus la marsanne, la roussanne, la clairette de bourboulenc et le viognier. Les appellations sont Côtes du Rhône Villages et Château neuf du pape.

- Costières-de-Nîmes : les costières sont issus de l'assemblage du grenache noir (25 % minimum), du cinsault (surtout pour les rosés), du carignan, de la syrah et du mourvèdre pour les rouges, du grenache blanc, de la clairette, de la marsanne et de la roussanne pour les blancs. (Note 1)